Att söka litteratur om Covid-19

 

Det finns numera en mängd resurser som ger tips och råd om sökningar och litteratur relaterat till COVID-19-pandemin. Här får du tips på såväl medicinska som andra resurser (inklusive flera sökexempel) för att hitta vetenskaplig information om COVID-19.

Medicinska databaser

WHO:s databas för COVID-19-material har ett brett och globalt fokus och är gratis att använda. Databasen har många värdefulla begränsningsalternativ i vänster marginal:

● Global literature on coronavirus disease

Oavsett söktjänst och sökmetod ger sökningar efter COVID-19 nu stora träffmängder, fler än 80 000 artiklar i PubMed i början av december 2020 handlar om COVID-19. Det finns alltså ett uppenbart behov av att förenkla och begränsa sökningarna. Ett antal sidor erbjuder sökfilter i PubMed för olika situationer och behov.

LitCovid är en litteraturresurs från NIH, National Institutes of Health, USA. Den erbjuder sökningar i PubMed begränsat på några aspekter av COVID-19, (General information, Mechanisms, Transmission, Diagnosis, Treament, Prevention, Case reports, Forecasting).

Australian Library and Information Association har utvecklat ett antal (drygt 35) sökfilter i PubMed för olika frågor. Ett exempel är en sökning på personlig skyddsutrustning. Alla filter nås på följande sida:

● COVID-19 Live Literature Searches

En resurs som bygger sökningar i PubMed med successiva begränsningar utifrån fasta alternativ är COVID-19 Evidence Link. Initiativet har kommit från det australienska centret The Research Centre for Palliative Care, Death and Dying.

Ofta börjar en sökning efter medicinsk information med en sökning i PubMed. Genom att helt enkelt skriva in Covid-19 mappar PubMed till ett sökfilter:

“covid 19″[All Fields] OR “covid 19″[MeSH Terms] OR “covid 19 vaccines”[All Fields] OR “covid 19 vaccines”[MeSH Terms] OR “covid 19 serotherapy”[All Fields] OR “covid 19 serotherapy”[Supplementary Concept] OR “covid 19 nucleic acid testing”[All Fields] OR “covid 19 nucleic acid testing”[MeSH Terms] OR “covid 19 serological testing”[All Fields] OR “covid 19 serological testing”[MeSH Terms] OR “covid 19 testing”[All Fields] OR “covid 19 testing”[MeSH Terms] OR “sars cov 2″[All Fields] OR “sars cov 2″[MeSH Terms] OR “severe acute respiratory syndrome coronavirus 2″[All Fields] OR “ncov”[All Fields] OR “2019 ncov”[All Fields] OR ((“coronavirus”[MeSH Terms] OR “coronavirus”[All Fields] OR “cov”[All Fields]) AND 2019/11/01:3000/12/31[Date – Publication])

Länk till sökningen här.

Man kan förstås utveckla denna sökning. En artikel som diskuterar olika strategier är denna:

En slutsats är att en sökning enbart på Covid-19 återvinner en mycket stor del av relevant litteratur och fungerar bra för snabba sökningar. Vid större sökningar bör man använda fler termer och synonymer och artikeln ger ett par exempel på hur detta kan göras.

När man söker i PubMed använder man ofta kontrollerade ämnesord, s.k. MeSH-termer. För COVID-19, SARS-CoV-2 och ett antal andra relaterade begrepp, finns från och med 2021 nya MeSH-termer:

● COVID-19

● SARS-CoV-2

● MeSH Database 2021

I mycket begränsad utsträckning genomförs retroaktiva indexeringar av gamla poster när nya MeSH-termer skapas. Tänk också på att det tar tid att indexera med ämnesord då dessa ofta läggs till posterna genom en manuell arbetsinsats. Sök därför inte enbart med kontrollerade ämnesord utan ta också med fritexttermer, termer i titlar och abstract. Undvik att begränsa med fasta alternativ, t. ex. för åldersgrupper och studietyper, då även dessa funktioner är beroende av en indexering som tar tid att genomföra.

 

Embase är, parallellt med PubMed, en viktig biomedicinsk litteraturdatabas som är speciellt stor inom läkemedels- och medicinteknisk litteratur. I större utsträckning än PubMed innehåller den även konferensbidrag och täcker europeisk litteratur bättre än PubMed. Linköpings universitet har sedan en tid tillgång till denna databas.

● Embase  (endast LiU)

OBS! Att du måste logga in med ett Elsevier-konto för full funktionalitet. Ett sådant konto skapar du enkelt som LiU-användare. Har du redan ett personligt konto på Science Direct, Mendeley, Clinial Key, eller någon annan Elsevier-tjänst så kan du använda det.

För en covid-19-sökning i Embase, klistra in t ex följande sökstrategi under fliken för avancerad sökning:

‘coronavirus disease 2019’/exp OR ((covid NEAR/2 19):ti,ab) OR ‘severe acute respiratory syndrome coronavirus 2’/exp OR ‘severe acute respiratory syndrome coronavirus 2’:ti,ab OR ((sars NEAR/2 ‘cov 2’):ti,ab) OR ncov:ti,ab OR ([2019-2020]/py AND (new:ti,ab OR novel:ti,ab OR pandemic:ti,ab OR epidemic:ti,ab) AND (‘coronavirus infection’/exp OR coronavirus*:ti,ab OR ‘corona virus*’:ti,ab))

 

Ämnesövergripande databaser

Google Scholar är en sökmotor som är mycket bredare än databaserna PubMed och Embase och är därför bra att använda om man vill utvidga sökningen med andra ämnesområden eller publikationstyper. Det är svårt att göra en strukturerad sökning i Google Scholar, Eftersom sökformuläret i Google Scholar dessutom är begränsat till ett visst antal tecken, kan det vara bra att lämna utrymme för de begränsande aspekterna man vill lägga till själva sökningen. För att ytterligare spara på utrymme kan man ersätta operatorn OR med tecknet |. Ett exempel på sökning kan då bli:

“COVID-19″|COVID19|2019nCoV|”Corona Virus”|Coronavirus|”CoV 2″|CoV2|COVID|nCoV|SARS2|SARSCoV|”SARS-CoV”

Se resultatet av sökningen här.

Google Scholar innehåller också citeringsdata som bland annat kan användas för att hitta relaterade studier, och se vilka publikationer som citerats mest frekvent.

 

De ämnesövergripande databaserna Web of Science och Scopus är viktiga för att hitta ett brett material om COVID-19-forskning. Dessa databaser innehåller, liksom Google Scholar, också citeringsdata.

● Web of Science (endast LiU)
● Scopus (endast LiU)

Förslag på en sökning i Web of Science:

TS=(coronavirus* OR “corona virus*” OR covid* OR ncov OR sars-cov* OR sarscov* OR 2019ncov) AND PY=2020

Förslag på en sökning i Scopus:

TITLE-ABS-KEY ( coronavirus*  OR  “corona virus*”  OR  covid*  OR  ncov  OR  sars-cov*  OR  sarscov*  OR  2019ncov )  AND  PUBYEAR  >  2019

För en mycket bred sökning, både sett till ämne och till olika publikationstyper (inkluderar avhandlingar, rapporter, utredningar, etc), använd bibliotekets sökverktyg UniSearch:

● UniSearch

Specialdatabaser inom andra områden än medicin

Det finns många specialdatabaser som täcker andra aspekter av pandemin än de rent medicinska. LiU har tillgång till många specialdatabaser. Ofta är dessa begränsade till användare inom LiU.

● Business Source Premier (ekonomi)
● ERIC (skolforskning och pedagogik)
● PsycINFO (psykologi)

Även lagstiftning har justerats i pandemins spår. Den svenska juridiktjänsten JUNO har ett COVID-19-filter:

● JUNOs Covid-filter (juridik, fungerar endast på LiUs nätverk)

Patent som publikationsform kan vara viktig inom t.ex. medicinteknik:

● Espacenet (fri)

Botanisera gärna i LiUBs databaslista efter andra specialdatabaser.

Kunskapsöversikter och protokoll

Det finns ett flertal resurser som sammanfattar, sammanställer och bedömer aktuell forskning om COVID-19-pandemin.

Cochrane Collaboration, som ju traditionellt jobbar med översikter, har skapat ett antal sådana resurser:

● Cochrane COVID-19 resource (fri)

Campbell Collaboration, en syskonresurs till Cochrane, arbetar med översikter inom samhällsvetenskap:

● Campbell response to Covid-19 pandemic (fri)

Centre for Evidence-Based Medicine vid University of Oxford publicerar dagligen översikter av evidensläget inom olika medicinska aspekter av covid-19:

● Oxford COVID-19 Evidence Service (fri)

Bibliovid, initierad vid franska lärosäten, ger en möjlighet att sortera medicinska studier efter evidensstyrka:

● Bibliovid (fri)

Så småningom kommer det att dyka upp fler och fler systematiska forskningsöversikter med fokus på COVID-19. Pågående arbeten med systematiska översikter inom medicin registreras som protokoll i Prospero:

● PROSPERO (fri)

Kliniska studier

Många kliniska prövningar registreras på ClinicalTrials.gov och på WHO’s plattform ICTRP, International Clinical Trials Registry Platform. Där finns ett stort antal pågående covid-19-relaterade studier listade:

● ClinicalTrials.gov
● WHO International Clinical Trials Registry Platform

Universitetet i Basel, Meta-Research Innovation Center vid Stanford, m. fl. har skapat en databas för sammanställning av nya, pågående, planerade och avslutade behandlingar av COVID-19:

● COVID-evidence Database

Preprints

Preprints är manuskript uppladdade till öppna arkiv innan en formell peer review. Det gör dem intressanta om man vill ta del av den absolut mest aktuella forskningen. Inom biomedicin är medRxiv och bioRxiv, som båda drivs av Cold Spring Harbor Laboratory, etablerade källor:

● medRxiv och bioRxiv

Även PubMed tillgängliggör numera i projektform preprints om COVID-19-forskning om den finansierats av NIH, National Institutes of Health, USA. Sök som vanligt i PubMed och begränsa till dessa preprints i vänster marginal under Article types. Läs mer om projektet:

● NIH Preprint Pilot

Utöver från medRxiv och bioRxiv, hämtar PubMed preprints från ChemRxiv, arXiv, Research Square, and SSRN

Det är viktigt att komma ihåg att preprints inte genomgått traditionell kvalitetsgranskning som peer review. Att vara källkritisk blir extra viktigt i detta sammanhang. Läs mer om Infodemin.

För att upptäcka studier som är av tveksam kvalité kan man använda tjänsten Retraction Watch som bevakar när forskningspublikationer dras tillbaka:

● Retraction Watch Database

Kontakta oss gärna om du har frågor: biblioteket@liu.se

Skrivet av: Joakim Westerlund, Medicinska biblioteket

Posted in corona, e-resurser.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *