Embase – ny databas på LiUB

 

Embase är en mångsidig biomedicinsk litteraturdatabas. Den används parallellt med PubMed/Medline och innehåller mycket unikt material, vilket gör den till ett viktigt verktyg vid all informationssökning inom medicinsk forskning. Speciellt intressant blir den vid systematiska litteratursökningar, till exempel rekommenderas den som sökverktyg av Cochrane Collaboration, en oberoende internationell organisation med fokus på att sprida vetenskaplig information relaterad till sjukvård.

Introduktion för Embase hålls via Zoom onsdagen den 9 december, kl. 10.00 – 10.45 + Q&A 10 minuter, av Giulia Moncelsi, Elsevier. OBS! Obligatorisk anmälan direkt till g.moncelsi@elsevier.com.

Ett andra tillfälle hålls onsdagen den 13 januari, kl. 10.00. Anmälan även då till Giulia Moncelsi.

Gå till Embase

En kort instruktionsfilm finns här och en guide i tryckt form här.

Skrivet av: Joakim Westerlund, Medicinska biblioteket

Bild på Embase

Att söka litteratur om Covid-19

 

Det finns numera en mängd resurser som ger tips och råd om sökningar och litteratur relaterat till COVID-19-pandemin. Här får du tips på såväl medicinska som andra resurser (inklusive flera sökexempel) för att hitta vetenskaplig information om COVID-19.

Medicinska databaser

WHO:s databas för COVID-19-material har ett brett och globalt fokus och är gratis att använda. Databasen har många värdefulla begränsningsalternativ i vänster marginal:

● Global literature on coronavirus disease

Oavsett söktjänst och sökmetod ger sökningar efter COVID-19 nu stora träffmängder, fler än 80 000 artiklar i PubMed i början av december 2020 handlar om COVID-19. Det finns alltså ett uppenbart behov av att förenkla och begränsa sökningarna. Ett antal sidor erbjuder sökfilter i PubMed för olika situationer och behov.

LitCovid är en litteraturresurs från NIH, National Institutes of Health, USA. Den erbjuder sökningar i PubMed begränsat på några aspekter av COVID-19, (General information, Mechanisms, Transmission, Diagnosis, Treament, Prevention, Case reports, Forecasting).

Australian Library and Information Association har utvecklat ett antal (drygt 35) sökfilter i PubMed för olika frågor. Ett exempel är en sökning på personlig skyddsutrustning. Alla filter nås på följande sida:

● COVID-19 Live Literature Searches

En resurs som bygger sökningar i PubMed med successiva begränsningar utifrån fasta alternativ är COVID-19 Evidence Link. Initiativet har kommit från det australienska centret The Research Centre for Palliative Care, Death and Dying.

Ofta börjar en sökning efter medicinsk information med en sökning i PubMed. Genom att helt enkelt skriva in Covid-19 mappar PubMed till ett sökfilter:

“severe acute respiratory syndrome coronavirus 2″[Supplementary Concept] OR “severe acute respiratory syndrome coronavirus 2″[All Fields] OR “ncov”[All Fields] OR “2019 ncov”[All Fields] OR “covid 19″[All Fields] OR “sars cov 2″[All Fields] OR ((“coronavirus”[All Fields] OR “cov”[All Fields]) AND 2019/11/01:3000/12/31[Date – Publication])

Länk till sökningen här.

Man kan förstås utveckla denna sökning. En artikel som diskuterar olika strategier är denna:

En slutsats är att en sökning enbart på Covid-19 återvinner en mycket stor del av relevant litteratur och fungerar bra för snabba sökningar. Vid större sökningar bör man använda fler termer och synonymer och artikeln ger ett par exempel på hur detta kan göras.

När man söker i PubMed använder man ofta kontrollerade ämnesord, s.k. MeSH-termer. För COVID-19, SARS-CoV-2 och ett antal andra relaterade begrepp, finns från och med 2021 nya MeSH-termer:

● COVID-19

● SARS-CoV-2

● MeSH Database 2021

I mycket begränsad utsträckning genomförs retroaktiva indexeringar av gamla poster när nya MeSH-termer skapas. Tänk också på att det tar tid att indexera med ämnesord då dessa ofta läggs till posterna genom en manuell arbetsinsats. Sök därför inte enbart med kontrollerade ämnesord utan ta också med fritexttermer, termer i titlar och abstract. Undvik att begränsa med fasta alternativ, t. ex. för åldersgrupper och studietyper, då även dessa funktioner är beroende av en indexering som tar tid att genomföra.

 

Embase är, parallellt med PubMed, en viktig biomedicinsk litteraturdatabas som är speciellt stor inom läkemedels- och medicinteknisk litteratur. I större utsträckning än PubMed innehåller den även konferensbidrag och täcker europeisk litteratur bättre än PubMed. Linköpings universitet har sedan en tid tillgång till denna databas.

● Embase  (endast LiU)

OBS! Att du måste logga in med ett Elsevier-konto för full funktionalitet. Ett sådant konto skapar du enkelt som LiU-användare. Har du redan ett personligt konto på Science Direct, Mendeley, Clinial Key, eller någon annan Elsevier-tjänst så kan du använda det.

För en covid-19-sökning i Embase, klistra in t ex följande sökstrategi under fliken för avancerad sökning:

‘coronavirus disease 2019’/exp OR ((covid NEAR/2 19):ti,ab) OR ‘severe acute respiratory syndrome coronavirus 2’/exp OR ‘severe acute respiratory syndrome coronavirus 2’:ti,ab OR ((sars NEAR/2 ‘cov 2’):ti,ab) OR ncov:ti,ab OR ([2019-2020]/py AND (new:ti,ab OR novel:ti,ab OR pandemic:ti,ab OR epidemic:ti,ab) AND (‘coronavirus infection’/exp OR coronavirus*:ti,ab OR ‘corona virus*’:ti,ab))

 

Ämnesövergripande databaser

Google Scholar är en sökmotor som är mycket bredare än databaserna PubMed och Embase och är därför bra att använda om man vill utvidga sökningen med andra ämnesområden eller publikationstyper. Det är svårt att göra en mer strukturerad sökning i Google Scholar, men ett förslag på en sökstrategi kan vara:

2019 novel coronavirus disease OR 2019 novel coronavirus infection OR 2019-ncov disease OR 2019-ncov infection OR coronavirus disease 2019 OR coronavirus disease-19 OR coronavirus OR coronovirus OR coronavirus infections OR wuhan coronavirus OR 2019-ncov

Se resultatet av sökningen här.

Google Scholar innehåller också citeringsdata som bland annat kan användas för att hitta relaterade studier, och se vilka publikationer som citerats mest frekvent.

De ämnesövergripande databaserna Web of Science och Scopus är viktiga för att hitta ett brett material om COVID-19-forskning. Dessa databaser innehåller, liksom Google Scholar, också citeringsdata.

● Web of Science (endast LiU)
● Scopus (endast LiU)

Förslag på en sökning i Web of Science:

TS=(coronavirus* OR “corona virus*” OR covid* OR ncov OR sars-cov* OR sarscov* OR 2019ncov) AND PY=2020

Förslag på en sökning i Scopus:

TITLE-ABS-KEY ( coronavirus*  OR  “corona virus*”  OR  covid*  OR  ncov  OR  sars-cov*  OR  sarscov*  OR  2019ncov )  AND  PUBYEAR  >  2019

För en mycket bred sökning, både sett till ämne och till olika publikationstyper (inkluderar avhandlingar, rapporter, utredningar, etc), använd bibliotekets sökverktyg UniSearch:

● UniSearch

Specialdatabaser inom andra områden än medicin

Det finns många specialdatabaser som täcker andra aspekter av pandemin än de rent medicinska. LiU har tillgång till många specialdatabaser. Ofta är dessa begränsade till användare inom LiU.

● Business Source Premier (ekonomi)
● ERIC (skolforskning och pedagogik)
● PsycINFO (psykologi)

Även lagstiftning har justerats i pandemins spår. Den svenska juridiktjänsten JUNO har ett COVID-19-filter:

● JUNOs Covid-filter (juridik, fungerar endast på LiUs nätverk)

Patent som publikationsform kan vara viktig inom t.ex. medicinteknik:

● Espacenet (fri)

Botanisera gärna i LiUBs databaslista efter andra specialdatabaser.

Kunskapsöversikter och protokoll

Det finns ett flertal resurser som sammanfattar, sammanställer och bedömer aktuell forskning om COVID-19-pandemin.

Cochrane Collaboration, som ju traditionellt jobbar med översikter, har skapat ett antal sådana resurser:

● Cochrane COVID-19 resource (fri)

Campbell Collaboration, en syskonresurs till Cochrane, arbetar med översikter inom samhällsvetenskap:

● Campbell response to Covid-19 pandemic (fri)

Centre for Evidence-Based Medicine vid University of Oxford publicerar dagligen översikter av evidensläget inom olika medicinska aspekter av covid-19:

● Oxford COVID-19 Evidence Service (fri)

Bibliovid, initierad vid franska lärosäten, ger en möjlighet att sortera medicinska studier efter evidensstyrka:

● Bibliovid (fri)

Så småningom kommer det att dyka upp fler och fler systematiska forskningsöversikter med fokus på COVID-19. Pågående arbeten med systematiska översikter inom medicin registreras som protokoll i Prospero:

● PROSPERO (fri)

Kliniska studier

Många kliniska prövningar registreras på ClinicalTrials.gov och på WHO’s plattform ICTRP, International Clinical Trials Registry Platform. Där finns ett stort antal pågående covid-19-relaterade studier listade:

● ClinicalTrials.gov
● WHO International Clinical Trials Registry Platform

Universitetet i Basel, Meta-Research Innovation Center vid Stanford, m. fl. har skapat en databas för sammanställning av nya, pågående, planerade och avslutade behandlingar av COVID-19:

● COVID-evidence Database

Preprints

Preprints är manuskript uppladdade till öppna arkiv innan en formell peer review. Det gör dem intressanta om man vill ta del av den absolut mest aktuella forskningen. Inom biomedicin är medRxiv och bioRxiv, som båda drivs av Cold Spring Harbor Laboratory, etablerade källor:

● medRxiv och bioRxiv

Även PubMed tillgängliggör numera i projektform preprints om COVID-19-forskning om den finansierats av NIH, National Institutes of Health, USA. Sök som vanligt i PubMed och begränsa till dessa preprints i vänster marginal under Article types. Läs mer om projektet:

● NIH Preprint Pilot

Utöver från medRxiv och bioRxiv, hämtar PubMed preprints från ChemRxiv, arXiv, Research Square, and SSRN

Det är viktigt att komma ihåg att preprints inte genomgått traditionell kvalitetsgranskning som peer review. Att vara källkritisk blir extra viktigt i detta sammanhang. Läs mer om Infodemin.

För att upptäcka studier som är av tveksam kvalité kan man använda tjänsten Retraction Watch som bevakar när forskningspublikationer dras tillbaka:

● Retraction Watch Database

Kontakta oss gärna om du har frågor: biblioteket@liu.se

Skrivet av: Joakim Westerlund, Medicinska biblioteket

New measures taken at LiUB – reduced opening hours and 3-day loan period of course reference copies

**Detta blogginlägg är även tillgängligt på svenska**

The corona pandemic is still here and we have to continuously adapt our operations depending on the present situation with Covid-19. Right now, the library is not the meeting place we want it to be, but please be patient and try to keep up the good mood.

From 21 December, there are stricter measures in place to prevent the spread of Covid-19. Read more: LiU tightens Corona restrictions

Our opening hours are now adapted only for borrowing and returning books, so it’s a good idea to place reservations on books you want to borrow ahead of your visit. Search for the book you want to borrow and make a reservation. Await the e-mail that will tell you when the book is available for pick-up. You can then pick the book up during the opening hours.

Please note that it is only permitted to be physically present on university premises (including libraries) if this is necessary.

We temporarily extend the loan period for the course reference copies to 3 days.

From December 21st  to January 24th 2021, the library will not charge fines or send new invoices. You are thus not forced to come to the library if your only errand is returning a library book. Existing fine charges are still valid. Special rules apply to interlibrary loans. It goes without saying that we expect you to return books if you are able.

These measures are in force until further notice. Please check this blog for updates.

OPENING HOURS

Please check the web for our current opening hours. An overview of our opening hours during Christmas and New Year can be found here.

CONTACT US

You can reach us via e-mail at biblioteket@liu.se or make a phone call:

Campus Norrköping Library
011-36 30 60

Medical Library
013-28 19 91

Valla Library
013-28 19 10

We´re also on social media!

Twitter: @LiU_Bibliotek

Instagram: linkoping_univbibliotek

From us to you! Please continue to keep distance, wash your hands and stay at home as much as possible!

But, we miss you!Continue reading

Nya åtgärder på LiUB – förändrade öppettider och förlängda lån på kursreferensböcker

**This blog post is also available in English**

Coronapandemin fortsätter och vi får ställa om och ställa in men det är viktigt att inte tappa modet. Just nu kan inte biblioteket vara den mötesplats vi vill att det ska vara.

Från och med den 21 december gäller skärpta nationella restriktioner för att hindra smittspridning av Covid-19. Läs mer: LiU skärper coronarestriktionerna

Det innebär att biblioteket endast är öppet för att låna eller lämna tillbaka böcker. Du söker upp och reserverar böckerna i förväg. När du fått mejl om att de är tillgängliga att hämta kan du komma till biblioteket under öppettiderna.

Observera att bara nödvändig fysisk närvaro i universitetets lokaler får förekomma. Detta gäller även biblioteken.

På kursreferensböcker gäller temporärt 3-dagars lån.

Från 21 december till 24 januari lägger vi inte på nya förseningsavgifter för ej återlämnade böcker och vi skickar inga nya fakturor. Det betyder att du som är sjuk, eller rädd att bli det, inte behöver komma till biblioteket om ditt enda ärende är att återlämna en bok. Observera att gamla avgifter ligger kvar och för fjärrlån gäller särskilda regler. Du ska givetvis lämna tillbaka böcker du har lånat om du har möjlighet.

 

Dessa åtgärder gäller tills vidare. Bevaka detta blogginlägg för uppdateringar.

ÖPPETTIDER

Öppettiderna varierar på våra campusbibliotek. Kolla webben för aktuella tider. En översikt över våra öppettider under jul och nyår hittar du här.

 

KONTAKTA OSS

Du når oss via e-post biblioteket@liu.se, eller telefon:

Campus Norrköpings bibliotek
011-36 30 60

Medicinska biblioteket
013-28 19 91

Vallabiblioteket
013-28 19 10

Följ oss gärna på sociala medier!

Twitter: @LiU_Bibliotek

Instagram: linkoping_univbibliotek

Från oss alla till er alla! Fortsätt att hålla distansen, tvätta händerna ofta och håll dig hemma så mycket du kan!

Vi längtar efter er!

Continue reading

Open Access Week – lär dig mer om transformativa avtal

 

Den internationella veckan med extra fokus på öppen tillgänglighet av forskning – Open Access Week – är här. På Linköpings universitetsbibliotek uppmärksammar vi detta genom att göra en djupdykning i ämnet transformativa avtal.

Ibland kallas det Read-and-publish-avtal och ibland offsetavtal, men det senaste året pratar vi mest om transformativa avtal. Låt oss titta närmare på vad detta är!

I Sverige förhandlas de stora avtalen mellan bibliotek och förlag centralt via det så kallade Bibsam-konsortiet. Bibsam-konsortiet är en sammanslutning av svenska universitet, högskolor, myndigheter och statliga forskningsinstitut som via Kungliga biblioteket förhandlar och tecknar nationella avtal för e-tidskrifter och databaser.

Många av de avtal som tecknas för hybridtidskriftspaket täcker både läs- och publiceringskostnader för att göra forskning öppet tillgänglig. Om du är osäker på vad en hybridtidskrift är kan du läsa mer på våra sidor om open access.

Prenumerationskostnader blir publiceringsavgifter

När fler artiklar publiceras öppet tillgängligt är det tänkt att kostnaden för läsning sänks så att man inte ska behöva betala dubbelt för både publiceringsavgiften och läsning, som tidigare var fallet. I takt med detta betalar vi på universitetsbiblioteket istället mer för att täcka publiceringsavgifter för LiU-forskare. Kostnaden förskjuts alltså över tid från läsning till publicering. Detta löser problemet med att universiteten betalar flera gånger för redan öppet tillgänglig forskning. Kostnaderna för läsning har ökat kraftigt under senare år vilket gör det viktigt att hitta en stabil prisutveckling så att universiteten har råd.

Öppen vetenskap är målet

Målet är inte bara att undvika dubbelbetalning utan en övergång till ett öppet och transparent vetenskapligt ekosystem – open science. Arbetet för öppen tillgänglighet – open access – till forskning är en del av det arbetet. Det säkerställer att alla – allmänheten, beslutsfattare, forskare i länder med högskolor som inte har råd att köpa dyra prenumerationer på de vetenskapliga tidskrifter de behöver för att bedriva forskning och utbildning – kan ta del av forskningsresultat. Detta blir extra viktigt om forskningen är finansierad av offentliga medel, då behöver resultaten också tillgängliggöras till offentligheten och inte låsas in bakom betalväggar.

Forskningsfinansiärer ställer bland annat därför ofta krav på att forskningsresultat ska publiceras öppet tillgängligt. En del av dem backar Plan S, som är ett initiativ för att skynda på övergången till ett öppet vetenskapligt system.

Det är bakgrunden till läs-och publiceringsmodellen för våra prenumerationer och varför vi tecknar den typen av avtal. Men var kommer transformationen in?

Hybridtidskrifter och transformativa avtal

Transformationen består av att hybridtidskrifter som ingår i transformativa avtal på sikt förpliktar sig att bli helt öppet tillgängliga, det kallas att tidskrifterna “flippas”. De går alltså från att vara hybridtidskrifter till att bli rena open accesstidskrifter.

Om en forskare har fått forskningsfinansiering från det offentliga, till exempel Vetenskapsrådet, Forte och Formas som stödjer Plan S, finns det krav från finansiären om i vad för slags tidskrift du får publicera dina forskningsresultat – de ska publiceras i rena open access-tidskrifter utan fördröjning. Men för att inte inskränka utbudet av tidskrifter där forskare gärna vill publicera sig i tillåter de i en övergångsperiod även att man publicerar forskningen i hybridtidskrifter ifall tidskriften täcks av ett transformativt avtal. Det innebär att förlaget har förpliktat sig till att tidskriften ska flippas och bli en ren open access-tidskrift om en viss procent av artiklarna i tidskriften publiceras öppet tillgängligt, eller som senast 2024.

Detta är alltså en temporär avtalsmodell. Efter 2024 ska transformationen ha skett. Och vad händer sedan? Läs gärna artikeln i Expert Voices: Nästa steg efter trans­for­ma­ti­va avtal som är skriven av Bibsams styrgrupp.

En ny modell

Övergången till ett öppet vetenskapligt ekosystem är en balansgång. Å ena sidan behöver det gå fort för att lärosäten ska ha råd att ge tillgång till de vetenskapliga källor forskare behöver. Forskarna ska inte drabbas av att behöva betala publiceringskostnader själva – den kostnaden ska biblioteken eller forskningsfinansiärerna stå för.

Det finns dock en oro för att förlagen ska drabbas och hållbara affärsmodeller som överlever övergången behöver utvecklas. Olika forskningsområden skiljer sig i publiceringstradition, och där vissa områden får mycket externa anslag, är andra självfinansierade och publicerar kanske böcker eller bokkapitel hellre än artiklar.

Var det hela landar får vi se, transformativa avtal och andra avtal vi via Bibsam sluter med förlagen är bara en pusselbit i övergången. En viktig pusselbit för att öppen vetenskap ska finnas tillgänglig för alla forskare och intressenter.

Skrivet av: Tanja Blixt, bibliotekarie vid avdelningen för Mediaförsörjning

Läs mer

Bibliotekets forskningsstödskoordinator Johanna Nählinder har tidigare skrivit inlägg om de Read-and-publish-avtal som biblioteket tecknar med olika förlag.